L’histoire a voulu que la mémoire de Zugarramurdi soit à jamais associée aux procès de l’Inquisition suite auxquels une trentaine de personnes de la localité furent, au Moyen-Âge, exécutées ou impitoyablement punies. Jalousie ? Différences culturelles ou politiques ? Plusieurs arguments ont été invoqués pour essayer d’expliquer ces événements. D’un côté, l’isolement du nord de la Navarre aurait favorisé la conservation de rituels sataniques et d’une médecine à base de remèdes naturels qui a probablement été assimilée à de la sorcellerie. D’autre part, les luttes entre les Agramontais et Beaumontais attisèrent la jalousie entre les deux factions nobiliaires et provoquèrent de nombreuses fausses accusations.